在旅行的列车上，美雪（铃木杏 饰）再次邂逅了金田一（松本润 饰），并追随于他。同伴用手中的DV记录着发生的一切。某夜，一个木偶团长不幸被害。案发后，警探发现他原本在车厢里的尸体不翼而飞，于是引起了一阵骚乱。探长决定在一家酒店暂时住下，找寻犯罪嫌疑人，金田一等人也一同前往。后来，根据案情，嫌疑人被锁定在木偶团体成员之中，探长想通过体重以缩小搜查范围。但是，一个女成员的意外死亡，却让金田一发现了隐藏的秘密，并由此揭开了一桩尘封多年的旧案真相……本片根据天树征丸的漫画改编，除上述特别版魔术列车杀人事件外，还包括以下6个事件，分别为幽灵客船杀人事件、法兰西银币杀人事件、黑死蝶杀人事件、速水玲香诱拐杀人事件、魔术的森杀人事件和露西亚人形杀人事件。

103.78.152.*：2001年真是日本黄金年代，好片层出不穷！

36.26.33.*：有人是因为喜欢松本润,铃木才看的这部的吗？

116.7.161.*：为什么国语声音好小，你们声音大吗？

123.119.20.*：特别喜欢看日本，还有其他日本推荐吗？

166.10.165.*：找了好久金田一少年事件簿3，终于找了，想看个国语版太不容易了！

114.238.99.*：金田一少年事件簿3是2001最好看的日本。

112.24.228.*：金田一少年事件簿3好看吗？我还没看

222.175.19.*：为什么金田一少年事件簿3下载总是在99%卡住了！！！

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